Il Collegio Sant'Anselmo, eretto in Roma dal beato Innocenzo XI con la Costituzione Apostolica "Inscrutabili" del 22 marzo 1687 come Istituto di studi teologici della Congregazione cassinese O.S.B, fu restaurato da Leone XIII il 4 gennaio 1887 per gli alunni di tutte le Congregazioni benedettine.
Il diritto di conferire i gradi accademici, concesso "viva voce" da Leone XIII il 20 agosto 1891, venne confermato da S. Pio X con il Motu Proprio "Praeclara inter opera" del 24 giugno 1914, stabilendo che "il Collegio di S. Anselmo... come le altre Accademie esistenti nell'Urbe, ottenesse il privilegio di conferire tutti i gradi accademici in Filosofia, in Sacra Teologia, in Diritto Canonico agli alunni del clero secolare e regolare". Il 15 gennaio 1933 Pio XI insignì l'"Istituto Accademico del Collegio Internazionale di S. Anselmo de Urbe" del titolo di "Pontificio". Con decreto della S. Congregazione dei Seminari e delle Università degli Studi del 21 marzo 1952, fu eretto nella Facoltà di Teologia l'Istituto di Studi Monastici e, con decreto del 17 giugno 1961, il Pontificio Istituto Liturgico, munito di propri Statuti e con facoltà di organizzare corsi speciali validi per il conseguimento della Licenza e del Dottorato in Sacra Teologia con specializzazione liturgica. Con decreto del 23 agosto 1978 la S. Congregazione per l'Educazione Cattolica innalzava il Pontificio Istituto Liturgico al grado di facoltà con l'autorità di concedere i gradi accademici di Licenza (SL.L.) e Dottorato (SL.D.) in Sacra Liturgia. Gli Statuti generali dell'Ateneo e quelli delle facoltà di Filosofia, Sacra Teologia e Sacra Liturgia sono stati approvati dalla Congregazione per l'Educazione Cattolica il 21 aprile 1987.